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NGS技術在出生后單基因遺傳病診斷中的應用

發(fā)表于2021-06-21 18:19:38 185 0
已知的單基因病致病基因和遺傳方式大部分已明確,不受環(huán)境因素的影響。目前,已知的人類單基因遺傳病已超過10000種,盡管單基因病個體發(fā)病率很低,但人群總發(fā)病率仍較高,約為1/100。大部分單基因病具有致死性、致殘性或致畸性,臨床表現(xiàn)多樣,因此診斷準確率不高。傳統(tǒng)的單基因遺傳病檢測方法主要為Southern印跡法、Sanger測序,以及以PCR技術為基礎的各種檢測手段。

傳統(tǒng)檢測方法的操作步驟復雜、通量低,不易檢測出未知的突變位點和進行全基因組范圍內的基因突變分析。通過先進的NGS技術可對上千種由于基因變異(基因突變、平衡異位、微缺失等)導致的遺傳病進行檢測,且可在早期對胎兒的脫落細胞或者絨毛膜進行檢測,在產前就可確認胎兒是否患有遺傳病。目前,NGS技術應用于單基因遺傳病的形式有目標序列捕獲高通量測序技術(Panel)測序、全外顯子組測序、全基因組測序和轉錄組測序等。
Panel測序通過靶向某一已知疾病的全部致病基因,能夠快速高效地分析給定樣本是否患有
該疾病,根據(jù)臨床診斷需要自由設計Panel,靈活方便,但不能有效地預測新的致病基因和對未知疾病的致病基因進行診斷。當Panel測序診斷結果為陰性,或者臨床表型比較復雜時,就需要行全外顯子組測序和全基因組測序,以進行更大范圍的篩查。全外顯子組測序是指對個體外顯子區(qū)進行測序的方法,一般包括22000個左右的編碼基因,能夠更快地確定致病基因及其突變位點,但不能獲得完整的基因組信息,且不適用于非編碼區(qū)突變和DNA結構變異等檢測。
全基因組測序是對某個體基因組的測序,不僅能夠明確患者的基因譜,而且能夠檢測出更多的突變類型,如一些結構變異、拷貝數(shù)變異等;但該方法價格昂貴且數(shù)據(jù)量大,導致數(shù)據(jù)儲存和結果解讀十分困難。全外顯子組測序和全基因組測序應用于潛在遺傳病(尚未確診)的分子診斷時,診斷準確率為25%~52%。通過TRIO測序(患者及其父母共同進行測序),有助于發(fā)現(xiàn)父母不存在,而孩子新發(fā)生的突變(新發(fā)突變)和潛在的隱性遺傳突變。
轉錄組測序主要是通過對某一物種特定細胞或組織在某個狀態(tài)下的轉錄本和基因序列進行測序,以研究基因的表達情況,從而對非編碼區(qū)功能、結構和新轉錄本的預測等進行研究。
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