我院前身是美國基督教衛(wèi)理公會創(chuàng)辦的“但福德醫(yī)院”(Dvanforth Hospital)，始建于光緒廿一年(公元1896年)。同年8月，石美玉由美國密執(zhí)安大學醫(yī)學院
畢業(yè)回國到該診所就職。1901年12月7日，“但福德醫(yī)院”正式開業(yè)，石美玉擔任首任醫(yī)院院長。我院擔負著江西、湖北、安徽三省毗鄰地區(qū)婦女兒童疾病的臨床、保健、教學、科研任務。
　　為了醫(yī)院發(fā)展需要，1901年，醫(yī)院同時創(chuàng)辦了一所護士學校，石美玉兼任首屆校長。
　　抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)，1937年12月7日但福德護士學校停辦。1946年9月，醫(yī)院復辦護士學校，并改名為“私立但福德醫(yī)院附設高級護士職業(yè)學?！薄?949年初，美國人撤離醫(yī)院，由中國人殷粹和擔任院長。
　　1949年5月23日，九江解放，但福德醫(yī)院開診。1951年8月31日，江西省人民政府主席邵式平簽署通知將但福德醫(yī)院改名為江西省立九江專區(qū)醫(yī)院并與原九江人民醫(yī)院合并。同年11月3日，江西省人民政府又將醫(yī)院更名為江西省立九江專區(qū)婦幼保健院，成為診治婦女、兒童的?？菩葬t(yī)院。至此，我院歷經(jīng)滄桑，終于獲得新生，開始了新的歷史進程。
　　1965年，貫徹“把醫(yī)療衛(wèi)生工作的重點放到農村去”的精神，醫(yī)院多次派出醫(yī)療隊到農村，至1980年止，共派出12批醫(yī)療對共100余名醫(yī)務人員下鄉(xiāng)巡回醫(yī)療。  
　　1968年11月，九江地區(qū)婦幼保健院被撤消。1969年11月29日，恢復為九江市婦幼保健院，由九江專區(qū)下放到九江市管轄。1974年9月，九江地區(qū)革命委員會將我院收回，作為地區(qū)直屬單位。
　　1985年8月，醫(yī)院領導班子換屆，實行院長負責制。制定了醫(yī)院發(fā)展規(guī)劃，對醫(yī)院進行科學管理。當年，被省衛(wèi)生廳授予全省“六好文明醫(yī)院”，全年業(yè)務收入首次突破百萬元。
　　1986年3月7日，六層住院大樓落成，建筑面積6000平方米。設有電梯，病房配套齊全，可容納300張床位，改善了病人的住院條件。
　　1989年10月，為適應九江市日益發(fā)展的婦女兒童醫(yī)療事業(yè)的需要，經(jīng)市長辦公室批準，將醫(yī)院更名為“九江市婦女兒童醫(yī)院”。
　　1993年9月23日，我院順利通過了“愛嬰醫(yī)院”活動的評估，獲得了世界衛(wèi)生組織、中華人民共和國衛(wèi)生部共同頒發(fā)的《愛嬰醫(yī)院》稱號。1994年醫(yī)院繼續(xù)立足改革，創(chuàng)三級醫(yī)院，從科技興院入手，對全體醫(yī)藥、護技人員進行“三基”培訓、考核，完善各類人員的工作職責、門診常規(guī)、質控標準。 4月1日經(jīng)九江市市長辦公會同意將九江市婦女兒童醫(yī)院和原九江市婦幼保健所合并，從7月1日起更名為九江市婦幼保健院。9月6日新建五層面積為3800平方米的門診部投入使用。
　2003年7月，市政府批復同意我院增冠“九江市婦女兒童醫(yī)院”名稱，同年12月市衛(wèi)生局同意我院增冠“九江市婦女兒童醫(yī)院”名稱。2007年4月，建筑面積3.2萬平方米，地上16層，地下1層，可設床位766張，投資約1億元的住院大樓正式開工，于2012年12月投入使用。  
    2008年8月，為滿足日益增長的婦女兒童醫(yī)療保健服務，配合新住院大樓的投入使用，經(jīng)市發(fā)展和改革委員會同意批復我院床位編制數(shù)由310張增至600張。2010年1月，通過江西省衛(wèi)生廳等級醫(yī)院評審，為三級甲等婦幼保健院。  
    2011年12月，經(jīng)江西省衛(wèi)生廳批復同意我院增冠“九江市兒童醫(yī)院”名稱，并在十二五規(guī)劃期間建設成為獨立設置的兒童醫(yī)院，取消原“九江市婦女兒童醫(yī)院”的名稱。  
2011年12月，經(jīng)江西省衛(wèi)生廳批復同意增冠九江市兒童醫(yī)院名稱，并在十二五期間建設為獨立的兒童醫(yī)院，取消原“九江市婦女兒童醫(yī)院”名稱。  
2011年，為策應九江市發(fā)展，醫(yī)院啟動八里湖新區(qū)兒童醫(yī)院（分院）建設，將于2018年投入試運行。
    2017年12月，與市人口與計劃生育服務站資源整合，增掛九江市婦幼保健計劃生育服務中心。
    醫(yī)院現(xiàn)有編制床位800張，職工1300人，高級職稱122人，中級385人；年門診量約80萬人次，年出院病人數(shù)約4.6萬人次，年分娩人數(shù)1.1萬人。