發(fā)生泌尿直腸的胚胎組織在分隔泄殖腔開口時(shí)發(fā)生異常，結(jié)果尿道的溝槽分化到陰莖的背側(cè)，而開口落在陰莖海綿體上，則會發(fā)生尿道上壁的先天性缺如，就是尿道上裂。由于存在較小或過度發(fā)生的泄殖腔膜，結(jié)果限制了恥骨的分離和尿道的正常演變。嚴(yán)重的尿道上裂會妨礙性交。

　　男性尿道上裂分為不完全型與完全型兩類，不完全型又可分為陰莖頭型與陰莖型兩種。陰莖頭型是尿道上裂在陰莖頭部，不超出冠狀溝水平，比較常見，陰莖頭顯得扁平，陰莖也變的短小，看上去陰莖頭部的背側(cè)酷似正常情況下的腹側(cè)觀。陰莖型是尿道上裂在陰莖體的背側(cè)，冠狀溝水平以下的陰莖頭尚正常，尿道口在陰莖根部，口可占據(jù)大部分陰莖體。完全型尿道上裂則占據(jù)陰莖頭與陰莖體的全部，甚至膀胱直接在陰莖根部處向外開口。尿道可完全缺如。除輕度陰莖頭型尿道上裂尚能正常排尿和性交外，重度陰莖頭型、陰莖型及完全型尿道上裂，排尿發(fā)生紊亂，尿液滲漏，尿流無方向，陰莖及其周圍皮膚浸漬糜爛，成年后妨礙性交，引起男性不育。